Yönetici firmaların bu Kanun uygulaması kapsamında elde ettikleri kazançlar ile Bölgede faaliyet gösteren kurumlar vergisi mükelleflerinin, münhasıran bu Bölgedeki Ar-Ge, yazılım ve tasarım faaliyetleri sonucunda elde ettikleri kazançları Yönetici Şirkete başvurarak alacakları Proje Bitirme Belgesi ile 31/12/2028 tarihine kadar kurumlar vergisinden müstesnadır.
Bölgede çalışan; Ar-Ge, yazılım ve tasarım personelinin bu görevleri ile ilgili ücretleri, 31/12/2028 tarihine kadar her türlü vergiden müstesnadır. Bölgede yer alan işletmelerde çalışan Ar-Ge, yazılım ve tasarım personelinin bu Bölgelerde yürüttüğü projelerle doğrudan ilgili olmak şartıyla, proje kapsamındaki faaliyetlerin bir kısmının Bölge dışında yürütülmesinin zorunlu olduğu durumlarda Bölge dışındaki bu faaliyetlere ilişkin ücretlerinin yüzde yüzünü aşmamak şartıyla Bakanlar Kurulunca ayrı ayrı veya birlikte belirlenecek kısmı gelir vergisinden müstesnadır.
Temel bilimler alanlarında en az lisans derecesine sahip Ar-Ge personeli istihdam eden Teknoloji Geliştirme Bölgeleri firmalarının, bu personelin her birine ödedikleri aylık ücretin o yıl için uygulanan asgari ücretin aylık brüt tutarı kadarlık kısmı, iki yıl süreyle Bakanlık bütçesine konulacak ödenekten karşılanır. Bir teknopark firmasında destekten yararlanacak personel sayısı, ilgili ayda firmasında istihdam edilen toplam personel sayısının % 10’unu geçemez.
Teknoloji Geliştirme Bölgesinde faaliyette bulunan girişimcilerin kazançlarının gelir veya kurumlar vergisinden istisna bulunduğu süre içinde (31/12/2028 tarihine kadar) münhasıran bu bölgelerde ürettikleri ve sistem yönetimi, veri yönetimi, iş uygulamaları, sektörel, internet, mobil ve askeri komuta kontrol uygulama yazılımı şeklindeki teslim ve hizmetleri 25/10/1984 tarihli ve 3065 sayılı Katma Değer Vergisi Kanunu kapsamında katma değer vergisinden müstesnadır.
5746 Sayılı Araştırma ve Geliştirme Faaliyetlerinin Desteklenmesi Hakkındaki Kanunun 3. Maddesine istinaden 4691 sayılı yasa kapsamında Teknoloji Geliştirme Bölgelerinde faaliyet gösteren firmalarda görev yapan ve ücreti gelir vergisinden istisna olan personelin; bu çalışmaları karşılığında elde ettikleri ücretleri üzerinden hesaplanan sigorta primi işveren hissesinin yarısı, her bir çalışan için 5 (beş) yıl süreyle Maliye Bakanlığı bütçesine konulacak ödenekten karşılanmaktadır.
Bölgede çalışan destek personelinin bu görevleri ile ilgili ücretleri, 31/12/2028 tarihine kadar her türlü vergiden müstesnadır. Muafiyet kapsamındaki destek personeli sayısı Ar-Ge personeli sayısının yüzde onunu aşamaz. Toplam personel sayısı on beşe (hariç) kadar olan Bölge firmaları için bu oran yüzde yirmi olarak, toplam personel sayısı on beş ve üzeri için ise yüzde on olarak uygulanır.
Bölgelerde Kanun kapsamında yürütülen yazılım, Ar-Ge, yenilik ve tasarım projeleri ile ilgili araştırmalarda kullanılmak üzere ithal edilen eşya, gümrük vergisi ve her türlü fondan, bu kapsamda düzenlenen kâğıtlar ve yapılan işlemler damga vergisi ve harçtan istisnadır. Bu istisna kapsamında ithal edilen eşya; Ar-Ge, yenilik ve tasarım projeleri ile ilgili araştırmalarda kullanılmak üzere Genel Müdürlükçe onaylanarak Tek Pencere Sistemi aracılığıyla Gümrük ve Ticaret Bakanlığına gönderilecek izinde belirtilen eşyadan oluşur.
4691 sayılı Kanun ve Uygulama Yönetmeliği uyarınca girişimci/firmalara Bölgede yürütülen proje kapsamında belirli bir oranda Bölge dışında da çalışma kolaylığı sağlanmıştır. Bu amaçla Bölgede yer alan işletmelerde çalışan Ar-Ge, yazılım ve tasarım personelinin bu Bölgelerde yürüttüğü projelerle doğrudan ilgili olmak şartıyla, proje kapsamındaki faaliyetlerin bir kısmının Bölge dışında yürütülmesinin zorunlu olduğu durumlarda Bölge dışındaki bu faaliyetlere ilişkin ücretlerinin yüzde yüzünü aşmamak şartıyla Cumhurbaşkanınca ayrı ayrı veya birlikte belirlenecek kısmı gelir vergisi stopajı teşviki kapsamında değerlendirilir. Buna ilave olarak gelir vergisi stopajı teşviki kapsamında Bölgede çalışan personelin toplam sayısının veya teşvike konu edilen toplam çalışma sürelerinin yüzde yirmisini aşmamak kaydıyla bu fıkrada belirtilen durumlar haricinde Bölge dışında geçirilen süreler de gelir vergisi stopajı teşviki kapsamında değerlendirilir. Cumhurbaşkanı, yüzde yirmi olarak belirlenen bu oranı belirleyeceği bölgesel ve/veya sektörel alanlarda yüzde yetmiş beşe kadar artırmaya veya tekrar kanuni oranına kadar indirmeye yetkilidir.
Girişimci/firmalar, mevcut Ar-Ge ofislerinden yararlanabileceği gibi, kendilerine tahsis edilen arsalar üzerinde belirli bir süre kullanım hakkını alabilecekleri binalar inşa ederek Ar-Ge, yazılım ve tasarım faaliyetlerinde bulunabileceklerdir.
İşletmeler, Bölgede başlatıp sonuçlandırdıkları Ar-Ge projeleri sonucu elde ettikleri teknolojik ürünün üretilmesi için gerekli yatırımı, yönetici şirketin uygun bulması ve Bakanlığın izin vermesi şartıyla Bölge içerisinde yapabilirler. Söz konusu yatırıma konu olan teknolojik ürünün üretim izin belgeleri, ilgili kurum ve kuruluş tarafından Bakanlık görüşü alınarak, öncelikle verilir. Bu yatırımlara ilişkin faaliyetler, 4/1/1961 tarihli ve 213 sayılı Vergi Usul Kanunu gereğince tutulması zorunlu defterlerde, yatırım yapan işletmelerin Bölgede yürüttükleri Ar-Ge faaliyetlerinden ayrı olarak izlenir. Bu yatırımlar nedeniyle Bölgede çalışan personel ve bu yatırımlarından elde edilecek kazançlar Bölge dışında faaliyet gösteren işletmelerin ve bunların personelinin tabi olduğu esaslara göre vergilendirilir.